imagej细胞计数（imagej细胞计数时粒子大小选择）

如何用imagej分析免疫组化平均光密度值

1、打开Image-Pro Plus 6.0软件，点击右下方的Done。点击file，点击open，打开你要选择组化图片，点击打开，得到如图所示。

2、点击file那一排的measure，选择calibration右侧下方的intensity。点击OD旁边的new，点击std. optical density，点击options，

3、点击255旁边的image，弹出如图所示对话框，点击图中空白地方，点击ok键。将incidental level改成255。

4、继续点击ok，点红色x，关闭。点击measure→count/size。

5、点击selecte colors，点击最左边像笔的图标，选免疫组化图片阳性蛋白表达区域，选择完毕，点击close。

6、点击表格中的view，选择statistic。得到mean那一栏和iod交叉的数值，就是mean of iod。

怎么计数免疫荧光镜下的细胞数

我是这样理解的：阳性细胞计数为单位面积下阳性细胞数，你所说的是平均个数，还要计算面积（如1个高倍视野面积是多少平方），个/平方毫米，这样数据才有可比性。imagej可以计数，不过我不大会用，如果数量不多可以数，多了还是得用软件。imagej很强大，很有用，希望大家共同学习，共同提高。

怎样用imagej软件计数

1. Analyze-set scale 设定单位长度2. 工具栏选择 straight lines3. 从起点画到终点4. Analyze-measure ,

如何用imagej对荧光染色切片进行分析 比如面积计算 细胞数量的计算

ImageJ不是太熟，不行就用Avizo，Amira之类的软件进行处理，二维，三维的都没问题。

imagej细胞计数步骤

自动细胞计数

-壹-

导入图像

打开想要处理的图像，这里我们以一张DAPI免疫荧光染色的照片为例进行说明。如下图。

点击FileOpen打开准备好的图像，也可将图片直接拖动到菜单栏，即可打开。如下图。

-贰-

将图像转为8-bit

首先需要将图片转为黑白灰的图像，方便后续识别细胞。

点击ImageType8-bit，此时图片即已被去色。

-叁-

调整阈值，去除背景，选中细胞

①点击ImageAdjustThreshold对阈值进行调整，主要是为了选择细胞区域；

②因为利刃君这里选择的是BW（Black and White），所以图像中黑色的区域就是已经选中的区域，这里可以进行更改，如若改为red，则红色区域为选中的区域；

③另外我们发现Threshold窗口中有两个调节框，我们可以通过左右拖动调节框中的滑块对选择的区域进行调整。原则是尽可能的包含所有的细胞同时去除背景中的杂质。

④拖动完成后点击Apply，这样阈值就设置好了。

-肆-

填补细胞核的空隙

在调节阈值减少背景的同时，可能细胞的一些不均匀部分也被减弱了，这时就需要进行空隙填补，使得细胞变成实心球形来使自动细胞计数的结果更加可靠。

点击ProcessBinaryFill Holes即可，如果没有出现细胞有空隙的情况，则这一步就不需要进行。

-伍-

打断细胞核的重叠部分

细胞密度比较大时，通常会有细胞重叠或者贴近的情况。就会导致软件识别时将两个粘连在一起的细胞识别为一个，这时我们就需要利用Watershed自动识别重叠部分，随后再将两个细胞分离开来。

点击ProcessBinaryWatershed，此时可以看到粘连在一起的细胞已经被分开。

-陆-

自动分析、计数颗粒

点击AnalyzeAnalyze Particles，出现Analyze Particles界面，根据处理图像的不同，设置不同的参数。

Size：0.05-Infinity——指分析颗粒尺寸大于0.05（一定注意这里的单位是inch），一直到无穷大的颗粒。（根据细胞大小，以及结果好坏来更改）一般可以通过选框工具选择最小的细胞，点击AnalyzeMeasure来看一下其大小，如我们这里显示Area为104，我们就可以设置Size大小为90-Infinity。

Circularity：0.00-1.00——指圆度，可以根据细胞形状，调整需要的圆度，1.00为标准圆，一般情况下只根据Size进行限制就可以了。

Show：Overlay——指原本图片上会展示出分析结果的外框。

Exclude on edges——处于边缘的颗粒不计入。

设置完成后，点击OK，即出现以下结果，Results窗口中显示了统计出的细胞的数目，并且显示了每个细胞的面积，一共为162个细胞。